株式会社商船三井（しょうせんみつい、Mitsui O.S.K. Lines, Ltd.）は、東京都港区虎ノ門に本店を置く、日本の大手海運会社である。東証一部上場。略称はMOL（エム・オー・エル）。日経平均株価の構成銘柄の一つ。

日本郵船・川崎汽船と並ぶ日本の三大海運会社の1社、連結純利益、連結売上高および時価総額で国内2位である。LNG輸送分野に強みを持つ。またコンテナ定期船事業で、ネプチューンオリエントラインズ、HMM（旧・現代商船）、と共にザ・ニュー・ワールド・アライアンスを形成している。商船三井が主導して結成されたザ・ニュー・ワールド・アライアンスの前身ザ・グローバル・アライアンスは海運アライアンスの嚆矢である。

1964年（昭和39年）、進藤孝二社長時代、三井船舶と大阪商船が合併、「大阪商船三井船舶」（略称・商船三井）が誕生した（英文社名のO.S.KはOsaka Shosen Kaishaが由来）。1999年（平成11年）、生田正治社長時代、ナビックスラインと合併、「商船三井」を正式社名とする。2017年（平成29年）現在は三井グループと三和グループに属する。

海上コンテナに記される「アリゲーター」印は柳原良平のデザインである。ファンネルマーク（煙突の印）はなく、煙突は橙一色となっている。